（一）《高新技術企業認定申請書》審核以下方面：
1.申請書封面為法定代表人簽名、加蓋企業公章。
2.主要情況表中，“基礎研究投入費用總額”該指標一般企業不會涉及，應填0，如填報不為0的，應和企業再次確認；“申請認定前一年內是否發生過重大安全、質量事故，嚴重環境違法”看選項是否誤選“是”，應選“否”。
3.查驗知識產權原件，按照知識產權匯總表順序逐一核對，重點核對“授權日期”“授權號”“獲得方式”是否與原件一致。
（二）查驗企業依法成立的《營業執照》等相關注冊登記證件的復印件，對比原件內容是否完全一致。
（三）知識產權證明材料
1.查驗知識產權是否完整（包括證書、權利要求項、摘要），與原件是否一致。
2.知識產權為受讓、受贈或并購方式的，查驗申報材料中知識產權的權利所屬人是否已變更，并附相關證明材料。
3.知識產權的專利權人為多方共有的，查驗是否有共有方不以此知識產權申報高企的聲明或證明材料。
（四）近三個會計年度研究開發費用專項審計報告、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，檢查以下方面：
1.檢查專項審計或鑒證報告是否完整，并帶防偽標識。
2.查驗出具報告的中介機構是否在推薦名單里。未在推薦名單里的應附上符合資質的證明材料；如中介機構已經是明確沒有資質的，申報材料無效，應予退回。
3.以上專項審計或鑒證報告必須為原件，均按會計年度分開出具。
（五）近三個會計年度的財務會計報告，檢查中介機構審計/鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告是否完整（包括主表、附注、財務說明書）。
（六）企業所得稅年度納稅申報表，檢查以下方面：
1.近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表是否完整。
2.期間費用表中的“管理費用”下-“研究費用”的數據一般不能為0。
3.稅表不能出現手寫、涂改的痕跡，如確實為稅務局專管人員修改，則在修改處加蓋稅務局公章。
（七）對涉密企業，須提醒企業將申請認定高新技術企業的申報材料做脫密處理，確保涉密信息安全。